为进一步贯彻落实《财政部 国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》（财税〔2008〕81号）精神，支持农民发展生产，国家税务总局广东省税务局就进一步加强农民专业合作社税收管理有关问题提出如下意见，请遵照执行。
一、依照《中华人民共和国农民专业合作社法》设立的农民专业合作社应按《税务登记管理办法》规定办理税务登记，免收税务登记证工本费。
二、农民专业合作社应按照有关法律、行政法规和国务院财政、税务主管部门的规定设置账簿，根据合法、有效凭证记账，进行核算。各级税务机关应加强对农民专业合作社会计核算的督促和指导，提高农民专业合作社的财务核算水平。农民专业合作社办理税务登记后，应按规定的申报期限、申报内容如实办理纳税申报，报送纳税申报表、财务会计报表以及税务机关要求报送的其他纳税资料。
三、农民专业合作社办理税务登记后，应向主管税务机关申购和使用发票。主管税务机关应根据农民专业合作社的生产经营情况供售发票，对用票量较大的实施器具开票。
四、农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税，可开具农产品销售发票，不得开具增值税专用发票。增值税一般纳税人从农民专业合作社购进免税农业产品，凭农民专业合作社开具的农产品销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。
五、各地应加强对农民专业合作社的减免税备案管理。农民专业合作社申请享受增值税税收优惠政策时，应按《税收减免管理办法》（国家税务总局公告2015年第43号）的规定向主管税务机关办理减免税备案。
六、各地应加强对农民专业合作社的纳税评估，及时了解掌握当地农产品的种类、生长季节、生长周期、亩产量等数据，可要求农民专业合作社提供本社与社员的有关交易量（额），加强对农民专业合作社的实地核查，提高核查质量。
七、各级税务机关应提高认识，加强对农民专业合作社的税收宣传和辅导，强化与农业主管部门的工作联系，促进协调配合，切实做好税收服务工作。
备注：本篇法规中第五条已被广东省国家税务局关于废止和调整部分增值税文件的公告（公告〔2015〕17号）调整为“各地应加强对农民专业合作社的减免税备案管理。农民专业合作社申请享受增值税税收优惠政策时，应按《税收减免管理办法》（国家税务总局公告2015年第43号）的规定向主管税务机关办理减免税备案。”
广东省国家税务局
2009年8月19日