广州市国家税务局直属税务分局，各区、县级市国家税务局；广州市地方税务局局属各单位：
现将广东省国家税务局、地方税务局《转发国家税务总局关于货物运输业新办企业所得税退税问题的通知》（粤国税发〔2006〕65号）转发给你们，并补充如下意见，请一并贯彻执行。
一、实行核定征收企业所得税的货物运输企业，按照《国家税务总局关于货物运输业新办企业所得税退税问题的通知》（国税函〔2006〕249号）第三点 “对实行核定征收企业所得税的纳税人，因代开货物运输发票而缴纳的税款，主管税务机关不予退税。” 的规定执行。
该类企业在纳税申报(预缴申报、年度申报)时不在收入总额（或成本费用）反映已在地税机关（包括代征单位）代征企业所得税的“代开票货物运输收入”（或相应的货物运输成本、费用）。
二、由地税机关负责征管企业所得税并采用查账征收方式的货物运输企业按地税机关的相关规定进行预缴申报和年终清算。
三、由国税机关负责征管企业所得税并采用查账征收方式的货物运输企业，其按照法律法规规定应退的企业所得税，不得超过纳税年度主管国税机关对其已征的企业所得税税额；超出部分，由代开货物运输发票的地方税务部门办理退税事项。
属国税机关负责征管的企业所得税纳税人在年度纳税申报时，应提供代开货运发票已预缴所得税额的缴税凭证原件及复印件（复印件注明与原件相符并加盖公章，一式三份，原件验后退回），并按纳税申报表的要求填报申报表的“实际应纳所得税额”项目。但申报表的“本期应补（退）的所得税额” 项目仅反映属于国税的应补（退）部分，并通过上述两项填报的数据计算填列申报表的“本期累计实际已预缴的所得税额”。纳税人实际（包括在地税代开货物运输发票已预缴所得税额）已预缴数据和应补（退）数据，在申报表中的“纳税人申明”处附加说明。
当纳税人本期应退的所得税额大于属于国税机关征收的差额（即属于地税部门退税部分），由区、县级国税机关在6月底前填开“广州市货物运输代开票纳税人纳税联系单”（见附件），传递到纳税人所在地地税主管税务机关。地税主管税务机关凭此作为办理退税手续的依据。
四、为加强税收管理，对属税务机关负责征管企业所得税的纳税人在年度汇算清缴后多缴的所得税额，应及时向主管税务机关办理退税手续，不采用抵缴办法处理。
五、非因代开票预缴原因，而有补缴企业所得税的，应直接向主管企业所得税的税务机关申报补缴。
六、广州市国家税务局、地方税务局《关于转发运输企业预缴企业所得税年终清算有关问题的通知》（穗国税发〔2006〕6号）的补充意见停止执行。
附件:广州市货物运输代开票纳税人纳税联系单
二○○七年一月十二日