根据《财政部税务总局海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》(财政部税务总局海关总署公告2019年第39号)规定,纳税人购进国内旅客运输服务,其进项税额允许从销项税额中抵扣。公司员工出差到境外,取得电子客票行程单,属于购进国际旅客运输服务,因此不能从销项税额中抵扣。