根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条规定:纳税人购进货物或者接受应税劳务(以下简称购进货物或者应税劳务)支付或者负担的增值税额,为进项税额。该企业以不作价方式进口设备,不属于纳税人购进货物,并且设备所有权不属于纳税人,所以其海关代征的增值税不得作进项抵扣。