根据《个人所得税扣缴申报管理办法(试行)》第六条规定,累计减除费用按照5000元/月乘以纳税人当年截至本月在本单位的任职受雇月份数计算。因此,虽然该员工一共只领取了1次工资,但在计算个人所得税时,需按照其已任职受雇月份数(即3个月)来计算减除费用,也就是说,3月份计算税款时可以扣除15000元。