广州、各地级市国家税务局：
根据《国家税务总局关于全国范围内推行公路内河货物运输业发票税控系统有关工作的通知》（国税发〔2006〕163号）和《国家税务总局关于旧版货运发票抵扣增值税进项税额有关问题的通知》（国税函〔2006〕1187号）的要求，自2007年1月1日起，货运单位使用货运发票税控系统开具货运发票（以下简称税控货运发票），一般纳税人取得税控货运发票必须通过货运发票税控系统认证，认证相符的可作为增值税进项的抵扣凭证。自2007年4月1日起，纳税人取得的旧版货运发票，一律不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。在我省电子申报软件未升级前，为做好货运发票的申报和数据采集工作，现将有关问题明确如下：
一、税控货运发票的认证和申报
纳税人取得税控货运发票抵扣联，必须经税务机关的货运发票税控系统扫描认证，认证通过的货运发票方可作为扣税凭证。操作员打印货运发票认证结果清单，并加盖印章交给纳税人。
由于我省一般纳税人采用电子申报软件进行纳税申报，目前申报软件要求采集全部运输发票的抵扣信息，因此认证通过的税控货运发票信息也须录入。为了减轻纳税人的工作量及避免信息的重复上报，税控货运发票在电子申报系统采取以下方式填报：
（一）非辅导期纳税人采取汇总录入的方式，当期申报抵扣的全部税控货运发票以一份发票的形式录入，具体操作指引见附件。
（二）辅导期纳税人仍采取逐票录入的方式，将当期《发票认证结果清单》中的“认证相符”明细数据通过电子申报软件逐票录入，连同旧版货运发票明细一并生成运输发票待比对清单。
二、一窗式比对及申报资料审核
一般纳税人申报时，申报受理岗应认真审核《增值税运输发票抵扣清单》，对税控货运发票（即号码为“999”开头的发票），其“计算抵扣的进项税额”应小于或等于当期《发票认证结果清单》中“认证相符”的税额。
对实行远程申报的纳税人，主管国税机关应在申报期结束后对纳税人报送的《增值税运输发票抵扣清单》、《货运发票认证结果清单》等资料进行审核，凡不符合要求的，及时通知纳税人更正申报。
附件:非辅导期一般纳税人汇总录入税控货运发票操作指引
广东省国家税务局
二○○七年一月二十三日
附件:
非辅导期一般纳税人汇总录入税控货运发票操作指引
在电子申报系统中, 先逐票录入旧版货运票后，再汇总录入认证相符的税控货运票,具体操作如下：
●通过【企业电子报税管理软件】—【进项发票管理】—【运输发票】模块录入；
●运输发票种类：选择“公路运输”或“内河运输”,
●“允许计算抵扣的运费税额”：根据《发票认证结果清单》中“认证相符”的税额,按政策规定可予抵扣部分填列；
●“运费金额”和“允许计算抵扣的运费金额”：根据“允许计算抵扣的运费税额”进行倒算；
●“发票号码”：为20位数，统一按“999+抵扣方税务识别号+所属月份”的规则填写；（如2月份申报期，纳税识别号为440000123456789的纳税人，汇总录入1月份认证通过的税控发票时，发票号码填写为：99944000012345678901）；
●“运输单位名称”、“运输单位纳税识别号”、“开票日期”、“运输单位主管地方税务局代码”、“运输单位主管地方税务局名称”：需录入（任选一张发票录入）。