深圳自然人在微信代开发票的金额限制如下:
(1)自然人通过微信申请代开发票,连续12个月内代开普通发票的不含税销售额未达到80万元的允许继续在微信申请代开,达到后代开发票应在办税服务厅办理;
(2)自然人通过微信申请代开发票,连续12个月内免税代开(单日不含税销售额不超过500元情形)次数未达到12次的允许继续在微信申请代开,达到后免税代开发票应在办税服务厅办理。